home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Inside Indy 1993 / Inside Indy 1993.iso / demos / CHEM / ribbon / data / globin.notes < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1993-06-23  |  1.4 KB  |  47 lines
  1.                 globin model
  2.  
  3.     Data Files:
  4.  
  5.     The tetrameric human oxy-hemoglobin was taken from the 
  6.     Protein Data Bank (code is "1HHO").  
  7.     The "1hho.pdb" file was edited to remove all but the main reference.
  8.     The "1hho_*.pdb" files have undergone manipulation for a local
  9.     research project.  The crystallographically
  10.     related dimer was generated, and renumbering done to conform
  11.     to the peculiarities of XPLOR.
  12.  
  13.     The *.coords file consists of only four filenames:
  14.         ls 1hho_A.pdb > globin.coords
  15.         ls 1hho_B.pdb >> globin.coords
  16.         ls 1hho_C.pdb >> globin.coords
  17.         ls 1hho_D.pdb >> globin.coords
  18.  
  19.     A secondary structure assignment was made based on H-bonding:
  20.         pdb-pro-pdb 1hho_A.pdb 1hho_A.ss
  21.         pdb-pro-pdb 1hho_B.pdb 1hho_B.ss
  22.  
  23.     The *.ribbons file consists of only four filenames (note the
  24.     use of the same SS file, as the molecules are two-fold related):
  25.         ls 1hho_A.pdb > globin.coords
  26.         ls 1hho_B.pdb >> globin.coords
  27.         ls 1hho_A.pdb >> globin.coords
  28.         ls 1hho_B.pdb >> globin.coords
  29.  
  30.     This file was then edited to add a special color file, "protein.color".
  31.  
  32.     Separate files were generated for each of the four porphyrin rings
  33.     and for each of the four iron atoms.  This was done with the
  34.     shell script "1hho_H.csh":
  35.         csh 1hho_H.csh
  36.  
  37.     The *.model file was generated, and edited to give a different
  38.     name and to reflect the tru center of the tetramer:
  39.         pdb-model 1hho_.pdb globin.model
  40.  
  41.     The mulitmeric protein ribbon model is now ready for display.
  42.  
  43.  
  44.  
  45.     Image File:     globin.rgb
  46.  
  47.